Die Kreuzkirche wurde von der "Kirchengemeinde der Ev. - Luth. Kirche in Preußen" im Jahre 1873 am Kreuzberg in Wernigerode erbaut. Die Innenausstattung erhielt die Kirche von der abgebrochenen Nikolaikirche, die auf dem Nicolaiplatz stand. Übernommen wurden eine Empore, das Kastengestühl und die Kanzel. Die Kanzel der Kirche wurde 1611 fertiggestellt und ist in der Kreuzkirche wohl der künstlerisch wertvollste Gegenstand. Den Treppenlauf zieren Wappen von Wernigeröder Familien.
Heute gehört die Gemeinde der Kreuzkirche zur Selbstständigen Evangelischen-Lutherischen Kirche (SELK).